Dans un coin isolé de la campagne albertaine, au Canada, un technicien de la compagnie Telus se juche en haut d’un poteau téléphonique et se fait piquer par une abeille. Cinq garçons identiques s’assemblent autour de lui et l’observent. Lorsqu’il se met à trembler violemment, son harnais se détache et il tombe. Les enfants semblent indifférents au sort de l’homme agonisant et s’éloignent en silence.
Pendant ce temps, au Maryland, les agents Mulder et Scully appréhendent Jeremiah Smith qui dit détenir des informations importantes et pertinentes pour Mulder. Mulder veut l'amener voir sa mère malade afin qu'il la guérisse, mais ils sont interrompus par un mercenaire extraterrestre venu exécuter Smith qui se sauve aussitôt. Mulder le suit et ils parviennent à s’échapper, Mulder se cachant sous un tas de copeaux et attaquant le mercenaire par derrière, le poignardant à la nuque à l’aide du stylet trouvé dans la lampe à Quonochontaug. Il s’embarque avec Smith qui a pris un bateau pour fuir. L’agent Scully laissée derrière prend le pouls du mercenaire qui semble mort mais qui se relève et l’étrangle, arrachant le stylet de sa nuque et l’utilisant pour la menacer et découvrir où est Jeremiah Smith. Scully affirme qu’elle l’ignore, mais il la retient prisonnière jusqu’au matin. Lorsque Mulder lui téléphone pour l’informer qu’il est en Alberta, le mercenaire laisse Scully pour les poursuivre.
Mulder et Jeremiah Smith arrivent près du poteau où le technicien est récemment décédé. Son visage est atrocement défiguré par ce qui ressemble à la variole, et un bon de commande trouvé dans sa poche révèle qu’il n’est là que depuis une journée. Jeremiah Smith conseille à Mulder de ne pas le toucher et l’entraîne dans une vallée verdoyante où une nouvelle variété de ginseng en fleurs est cultivée. Mulder observe l’installation à l’aide de jumelles et y aperçoit deux enfants au travail, un garçon blond et une fillette ressemblant à sa sœur Samantha. Il l’appelle et s’élance à sa rencontre, mais elle le regarde, perplexe et ne lui répond pas. Jeremiah Smith lui apprend qu’elle est une «ouvrière» et que ces enfants n’ont pas de langage. Smith et Mulder suivent les enfants jusqu’à la colonie où plusieurs d’entre eux vivent dans une autonomie complète, sans parents ni tuteurs. Mulder comprend que les fillettes sont des clones de sa sœur, et les garçons, d’un autre ayant subi le même sort que Samantha.
De retour à Washington, l'agent Scully est demandée au bureau du Sous-Directeur Skinner qui lui partage de nouvelles informations sur le travail de Jeremiah Smith. L'homme serait en fait six hommes identiques travaillant au Département de la Sécurité Sociale et dont les dossiers comportent des listes exhaustives de codes que l'agent Pendrell tente de déchiffrer. Scully emporte une partie de la liste et se rend à l'appartement de Mulder, plaçant le signal de ruban adhésif à la fenêtre afin d'y attirer l'attention de l'informateur X. L'homme se présente peu après et avertit Scully que Teena Mulder est en danger. Scully insiste pour qu'il lui révèle la signification des lettres SEP qui apparaissent au début de chaque élément de la liste. X répond que cela fait référence à un programme d'éradication de la variole, ce qui amène Scully à poursuivre ses recherches.
En Alberta, Jeremiah Smith revient à la ferme avec un bidon d’essence et trouve Mulder tenant l’un des clones de Samantha par la main, décidé à l’amener avec eux. Jeremiah Smith s’y oppose, mais leur discussion est interrompue par l’arrivée du mercenaire extraterrestre. Les hommes se sauvent par les fourrés, Mulder entraînant la petite ouvrière à sa suite. L’enfant les guide vers une porte s’ouvrant sur le rucher où les abeilles porteuses de la variole sont gardées. Smith et l’ouvrière sont immunisés contre leurs piqûres, et Mulder s'asperge d’essence pour s’en prémunir. Cachés derrière un mur d’alvéoles, les hommes le poussent afin qu'il s'écroule sur le mercenaire qui se fait attaquer par un essaim d’abeilles, libérant la voie au trio qui se sauve avec sa voiture.
Entre temps, Scully présente sa découverte à l'agent Pendrell et lui explique la signification des codes. Ils passent chacun une biopsie de tissus prélevés sur la cicatrice du vaccin reçu dans l'enfance contre la variole et découvrent que la protéine qui s'y trouve, devant être la même pour chacun, est différente et serait utilisée comme une étiquette identifiant chaque personne inoculée. Leurs supérieurs trouvent cette suggestion tirée par les cheveux et Skinner prend Scully à part pour la questionner. Elle reçoit alors un appel de Mulder qui la contacte d'une cabine téléphonique au Canada et lui demande de le rejoindre à la chambre d'hôpital de sa mère. Le mercenaire extraterrestre arrive en trombe au volant de la camionnette du technicien et fonce vers la cabine. Mulder a tout juste le temps de sortir, mais le mercenaire en vient aux coups et l'assomme en le projetant contre la camionnette. Mulder perd connaissance. Jeremiah Smith se sauve en courant et la jeune ouvrière crie de terreur à la vue du mercenaire, mais ce qui advient d'eux n'est pas révélé.
Mulder arrive seul à l'hôpital, épuisé. Plusieurs agents sont présents pour sa protection, dont son supérieur Skinner et Scully. Il s'approche du lit de sa mère et fond en larmes. Scully le console et le laisse raconter son histoire. Pendant ce temps, l'informateur X arrive à l'appartement de Mulder, faussement averti par le signal de ruban adhésif par les membres du Syndicat qui se doutent de son rôle secret. Comme l'agent est absent, X se rend compte du subterfuge et tente de quitter l'édifice, mais le Grisonnant l'attend armé dans l'ascenseur et l'atteint à la poitrine. X se traîne jusqu'au seuil de l'appartement et y trace les lettres SRSG avec son propre sang avant de mourir. Cet indice mène Mulder à Marita Covarrubias, la Représentante Spéciale du Secrétaire Général de l'ONU à New York qui lui annonce que la plantation albertaine dont Mulder leur avait parlé a été abandonnée et qu'aucun rucher n'a été trouvé sur le site. Elle lui tend cependant un dossier où Mulder découvre une photo des jeunes clones de sa soeur travaillant dans la plantation qu'il a visitée, lui déclarant: "Tout ne doit pas mourir, monsieur Mulder."
La santé de Teena Mulder ne s'étant toujours pas améliorée, le Fumeur fait appel au mercenaire extraterrestre qui poursuivait Jeremiah Smith afin qu'il guérisse la femme. Le mercenaire exige des explications avant de s'exécuter, et le Fumeur déclare que "L'ennemi le plus redoutable est celui qui n'a plus rien à perdre," indiquant que Mulder deviendrait un obstacle à la continuation du projet s'ils laissaient mourir sa mère. Le mercenaire pose sa main sur le front de la malade et la ramène à la vie.
Les scènes de la plantation albertaine ont été tournées dans le village fantôme de Walhachin en Colombie-Britannique. L'équipe ne s'était jamais déplacée aussi loin de Vancouver pour tourner un épisode durant ses années au Canada, mais Chris Carter voulait un paysage désertique, et cette région était la plus accessible.
Le terme allemand "Herrenvolk" (le titre de l'épisode en anglais) signifie "race supérieure" et fait référence à l'attitude des colons extraterrestres qui visent à dominer la terre et éliminer les êtres humains qu'ils considèrent inférieurs, et utiliser les hybrides comme esclaves, ce qu'ils font déjà. Ce terme était utilisé par le parti Nazi par rapport à la race aryenne; de nombreux parallèles se dessinent entre les Nazis et les colons extraterrestres ainsi que le Syndicat tout au long de la série. Les jeunes clones blonds de la série Crawford aperçue pour la première fois dans cet épisode sont un clin d'oeil à description typique d'un Aryen.
On apprend beaucoup plus tard, dans l'épisode Espérance (Saison 8), que l'hybride Jeremiah Smith a réussi à échapper au mercenaire extraterrestre qui le poursuivait.
Durant le tournage de la scène du rucher, la jeune Vanessa Morley a été piquée à la main par une abeille, mais s'est contentée de secouer l'insecte et a fait semblant de rien. Elle n'a parlé de son expérience qu'après coup, et l'équipe était si impressionnée qu'un prix de bravoure lui a été décerné par Gillian Anderson lors d'une petite cérémonie improvisée.
